CytoscapeのBiNGOを使って、遺伝子リストのエンリッチメント解析を行う
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Cytoscapeとは、生物学上のパスウェイや分子間相互作用ネットワークを可視化＆解析できるフリーソフトです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。外部のデータベースから情報を取得したり、ネットワークに関する情報を統合することもできます。
この動画では、Cytoscapeアプリケーションの一つ「BiNGO」を使って、発現変動遺伝子(タンパク質)などのリストに対して、GeneOntologyを用いた機能予測・エンリッチメント解析を行う方法について紹介しています。
「Cytoscape の使い方 〜インストール・基本操作編〜」ではCytoscapeの導入方法と基本的な使い方を説明しています。 togotvDBCLSbioinformatics togotvDBCLSbioinformatics
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